Бывают разные ситуации. В разных городах могут работать как официально оформленные, так и не оформленные подразделения. Но в целом, да, в территориально разделённых подразделениях могут быть разные журналы.
Кроме того, официальным приказом могут быть назначены разные ответственные за проведение вводного инструктажа по каждому городу. Тогда каждый ответственный будет вести журнал и проводить инструктаж в подразделении по своему городу. Так что не обязательно этим должен заниматься один человек на всю организацию, нужно смотреть по ситуации.
